Tepung ikan harus dikemas sebelum disimpan atau dikirim. Kantong pengemas umumnya menggunakan karung polietilen. Pekerjaan pengemasan dibedakan menjadi dua macam yaitu pengemasan mekanis dan pengemasan manual. Peralatan pengepakan manual sangat sederhana, hanya memerlukan timbangan dan mesin jahit portable serta peralatan sederhana lainnya. Dan tingkat otomatisasi pengemasan bergantung pada ukuran produksi pabrik dan kapasitas pemrosesan. Pengemasan mekanis dengan tingkat otomatisasi yang lebih tinggi telah diadopsi oleh semakin banyak produsen. Sistem ini cocok untuk pengoperasian jalur perakitan, struktur kompak, area pekerjaan lebih sedikit, penimbangan dan pengukuran akurat, yang dapat meningkatkan efisiensi tenaga kerja, mengurangi tenaga kerja, dan menghemat biaya produksi. Tepung ikan yang sudah jadi dalam kantong setelah disegel dapat dikirim langsung ke gudang untuk disimpan.
Sistem pengepakan otomatis terutama terdiri dari konveyor sekrup pengepakan, skala pengemasan kuantitatif otomatis, konveyor sabuk dengan alat penimbangan & tampilan, dan mesin jahit. Proses penimbangan dan pengepakannya adalah dengan menggunakan fungsi kontrol program dari pengontrol tampilan penimbangan untuk mewujudkan kontrol pengumpanan pada konveyor sekrup pengepakan, sehingga mencapai efek pengukuran yang akurat. Setelah selesai penimbangan, tas dipindahkan ke mesin jahit tas melalui belt conveyor untuk menyelesaikan pekerjaan penyegelan. Tepung ikan yang sudah jadi dalam kantong setelah disegel dapat langsung dikirim ke gudang untuk disimpan. Sistem pengemasan otomatis ini juga dapat memenuhi kebutuhan bahan bubuk lainnya yang sangat populer baik di pasar domestik maupun internasional.